Episode 1 : Adieux - Hail and Farewell ( Part 2 )
Alors qu'elle tente de se remettre de sa perte, Mac apprend par un agent du MI6 que Webb en serait pas mort mais sur le point de le devenir. Elel demande son aide à Harm et part sur le terrain. Sturgis devient le nouveau JAG remplaçant à la place de l'Amiral Chegwidden.
Episode 2 : Mercenaires - Corporate Raiders
Un marine est tué en Irak par un tir, semble t-il ennemi. Pourtant, sa veuve croit à un meurtre. Harm et Mac enquêtent. Sturgis se prépare à faire de nouvelles nominations au sein du JAG. Mattie revient vers Harm après que son père lui a fait faux-bond.
Episode 3 : Erreur judiciaire - Retrial
Harm doit réévaluer l'affaire du marine Saul Wainright datant de 1981 qui avait refusé de payer une prostituée en découvrant qu'il s'agissait d'un homme. Il fait connaissance avec Alicia Montes. Bud et Mac s'occupent d'un militaire qui est marié à quatre femmes différentes.
Episode 4 : L'homme du président - Whole New Ball Game
Bud est chargé de faire la lumière sur les allégations portées à l'encontre du Colonel Creswell alors que celui-ci devrait devenir le nouveau Juge Avocat General des opérations navales. Mac et Harm sont envoyés sur le USS Hennessy enquêter sur un Enseigne ayant tiré sur un pêcheur.
Episode 5 : Retour de Bagdad - This Just In From Bagdad
Le Colonel Creswell prend ses fonctions au JAG et se montre odieux avec tout le monde. Harm et Mac sont envoyés en Irak pour découvrir si un Sergent de Marines est responsable de la mort lors d'une embuscade d'un conseiller à la Défense.
Episode 6 : Une mer déchainée -One Big Boat
Mac ensuête sur le décès d'un étudiant de l'Académie de Marine qui a sauvé l'une de ses amies de la noyade lors d'une tempête sur un bateau où se trouvait Mike Roberts, le frère de Bud. Mac se heurte à Cresswell alors que Mattie quitte une fois de plus Harm, le coeur gros.
Episode 7 : Guantanamo - Camp Delta
Au camp Delta de Guantanamo, trois gardiens maltraitant un prisonnier et sont filmés à leur insu. Ils découvrent, en outre qu'il était flic. Harm et Mac s'affrontent sur cette affaire. Bud prend un mauvais coup de poing et finit au tribunal comme accusé.
Episode 8 : Une vieille connaissance - There Goes The Neighborhood
Le passé de Coates se rapelle à elle avec le retour d'une vieille amie. Celle-ci s'installe et ne tarde pas à se faire passer pour elle et à l'impliquer dans un meurtre. Bud s'occupe du cas d'une pilote de 26 ans ayant acheté un F-18 sur internet pour son père mourant.
Episode 9 : L'homme sur le pont - The Man On The Bridge
Harm et Mac tentent de collaborer avec le FBI lorsque la voiture d'un Capitaine de marine travaillant au laboratoire de Défense d'armes biologiques est retrouvée sans son propriétaire. Bud plaide le cas du Caporal Maria Reyes qui veut obtenir de pouvoir boxer face à des hommes.
Episode 10 : Accident - The Four Percent Solution
La veille de Noël, Mac est victime d'un accident de voiture et transportée à l'hôpital. Les médicaments qui lui sont donnés la font halluciner. Elle revoit les évènements des mois précédents et notamment le décès de Webb, qu'elle accepte enfin.
Episode 11 : Sans pilote - Automatic For The People
Harm enquête aux côtés d'un Lieutenant local sur le crash d'un F-14 dans un champ dont le pilote a été tué. Il tente de faire le lien avec un autre avion apparemment volé par un israélien. Les exercices de tir obligatoires virent à la compétition entre Mac et Cresswell.
Episode 12 : Le sixième juré - The Sixth Juror
Les choses deviennent compliquées pour Mac et Harm lorsque l'un poursuit et l'autre défend un officier de marine accusé d'avoir tué un civil amoureux de sa femme. La complication vient du fait que, parmi les jurés du procès, se trouve Jennifer Coates qui ne devait au départ que seconder Mac.
Episode 13 : Chef de guerre - Heart Of Darkness
Les compétences de Mac en farsi les conduisent, elle et Harm, en Afghanistan pour enquêter sur l'implication d'un Capitaine des marines dans l'incendie d'un village et la mort de cinq habitants. D'autre part, un marin est accusé de vol de voiture en Irak. Cresswell retrouve un vieil ami mais découvre qu'il est aussi le père du garçon à qui appartenait la voiture. Big Bud demande l'aide de son fils pour éviter de partir en Irak.
Episode 14 : Apte au service - Fit For Duty
Harm, Mac et Bud s'occupent de l'affaire d'un psychiatre de la Navy basé en Afghanistan qui est accusé de pratiques douteuses par un jeune marine qu'il a traité. A Washington, Bud défend un Commandant qui souhaite que l'armée le reconnaisse trop vieux pour rester en service.
Episode 15 : Tirs justifiés - Bridging The Gulf
Le QG du JAG accueille un nouvel avocat, Gregory Vukovic. Creswell envoie Harm sur un transporteur qui croise dans le golfe persique pour s'occuper de la mort d'un pêcheur irakien et y passer ses fameux quotas de vol. Lors de ses essais, il se retrouve obligé de tirer sur un avion civil qui a violé l'espace de vol. Mac se charge d'une affaire impliquant un marine accusé d'avoir illégalement confisqué un véhicule à un citoyon irakien. Cresswell lui assigne Vukovic mais Mac n'aime pas particulièrement la façon de travailler de son collègue.
Episode 16 : Objectif Singapour - Starits Of Malacca
Dans le détroit de Malacca en Indonésie, des pirates arraisonnent un navire et prennent en otage l'équipage. Mac et Vukovic sont envoyés sur place pour négocier avec le leader des pirates qui est recherché. Vukovic découvre que ces négociations sont une diversion pour un commando armé d'une bombe qui se dirige vers un important port. Harriet et Bud font une fête pour l'arrivée de leurs jumeaux. A cette occasion, tout le monde fait la connaissance de la femme de Cresswell alors que Mikey tombe amoureux de sa fille, Cammie.
Episode 17 : JAG: San Diego - JAG : San Diego
Alors que Harm est en charge du QG du JAG à Washington, Mac, Vukovic et Cresswell assistent à la conférence anuelle du JAG à San Diego. Mac et Vukovic sont pourtant chargés de l'affaire d'un marine ayant tiré en l'air d'une émeute avant de voir s'éffondrer un homme à ses pieds. Tous deux s'affrontent au tribunal maisn en coulisses, le talent de playboy de Vukovic échauffe les esprits, surtout que Mac est assistée de l'ex de l'avocat. Une tempête de neige se déclenche et Harm apprend que Mattie est blessée à la suite d'un grave accident.
Episode 18 : Au premier coup d'oeil - Death The Mosque
Vukovic est envoyé en Irak pour faire la lumière sur une fusillade dans une mosquée, tâche rendue difficile par un reportage de ZNN. Harm passe ses journées au chevet de Mattie à l'hôpital. Cresswell demande à Mac de parler à Cammie, sa fille. Il ne veut pas qu'elle se lance une carrière militaire.
Episode 19 : Deux villes - Two Towns
En Irak, l'explosion d'une bombe dans une tente fait 17 morts parmi les marines dont un seul survit, lequel est dès lors accusé. Mac est chargé de le défendre alors Harm et Bud se rendent en Oklahoma, état dont sont originaires les jeunes militaires. Ils sont présents dans le cadre de l'aide légale aux cas d'urgence pour aider les familles dans les démarches administratives.
Episode 20 : Un soldat inconnu - Unkown Soldier
Wallace Cresswell, le frère du Général, lui demander d'enquêter sur la découverte d'un corps au Vietnam qui pourrait être celui qui lui a sauvé la vie pendant la guerre. Vukovic et la nouvelle recrue Grave, sont envoyés là-bas puis en Louisiane, où se trouve la soeur du soldat pour analyse ADN. Harm et Mac s'opposent dans l'affaire d'un médecin réserviste accusé d'avoir voulu sauver un enfant irakien plûtot que des soldats américains.
Episode 21 : Une équipe de rêve - Dream Team
Harm et Vukovic doivent faire partie commune malgré eux pour défendre un marine accusé de la mort d'un équipier lors d'un combat, l'autre ayant fini dans l'eau glacée. Mac doit défendre un marine écolo qui a libéré des dauphins retenus par l'armée. Cresswell annonce une nouvelle explosive à l'équipe.
****Final *****
Episode 22 : Bons vents et bonne mer - Fair Winds And Following Seas
Cresswell vient d'annoncer la dissolution de l'équipe et Harm et Mac ont reçus leurs nouvelles affectations: San Diego pour elle, Londres pour lui. Ils comprennent qu'ils ont trois jours pour former leur équipe et prendre certaines décisions personelles. Harm demande à Bud de l'accompagner à Londres mais il décline l'offre alors que Mac refuse la proposition de Vukovic et ignore encore que Jennifer voudrait l'accompagner. Alors qu'il fait ses bagages, Harm reçoit la visite de Mac. Ils discutent de leur relation et, contre toute attente, Harm demande Mac en mariage. Ils réunissent toute l'équipe au McMurphy pour annoncer la nouvelle. Reste à déterminer le lieu: Londres ou San Diego ?
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